Gagasan tentang perlunya lembaga yang mampu memberikan informasi atau yang dapat menjawab pertanyaan umat Islam bila ada keraguan tentang memperoleh makanan yang halal di Bali ini sudah ada sejak tahun 1994.

Sebelum LPPOM MUI Provinsi Bali dibentuk, MUI Provinsi Bali telah membentuk yayasan yang diberi nama Yayasan Lembaga Konsumen Muslim (YLKM) yang telah melayani bila ada permohonan sertifikat halal.

Setelah ada pedoman dari LPPOM MUI Pusat tentang pembentukan dan tata kerja bagi LPPOM MUI di daerah, maka MUI Provinsi Bali tanggal 7 Rabiul Tsani 1423 H  (18 Juni 2002) membentuk LPPOM MUI Provinsi Bali (Lembaga Pengkajian Pangan, Obat-obatan dan Kosmetika – Majelis Ulama Indonesia Provinsi Bali).

Tujuan Sertifikasi Halal adalah untuk menentramkan umat Islam dalam mengkonsumsi produk pangan, obat dan kosmetika, dan manfaat bagi produsen adalah terbantunya dalam merebut pangsa pasar konsumen muslim.

Proses sertifikasi halal dilakukan berdasarkan permintaan dari pihak produsen yang sifatnya sukarela, belum merupakan kewajiban.

Sertifikat halal yang diterbitkan oleh MUI Provinsi Bali merupakan prasyarat untuk mendapatkan ijin pencantuman label halal pada kemasan produk yang dikeluarkan oleh instansi pemerintah yang berwenang yaitu Badan Pengawasan Obat dan Makanan (BPOM) beserta unit teknis di daerah.

Dalam menjalankan misinya, LPPOM MUI Bali didukung oleh tenaga auditor yang mempunyai keahlian di bidang terkait.